Vattenverksamhet regleras enligt kapitel 11 i Miljöbalken och tillstånd för vattenverksamhet lämnas av Mark- och miljödomstolen. Tillståndsprocessen består av tre delar: samråd, färdigställande av handlingar samt ansökans hantering vid domstol.
Enligt Miljöbalken ska ansökan om tillstånd för vattenverksamhet föregås av ett samrådsförfarande för att bestämma miljökonsekvensbeskrivningens innehåll och utformning.
Sökanden (kommunerna inom Projekt Mjörn) har valt att genomföra avgränsningssamråd direkt enligt bedömningen att verksamheten utgör en betydande miljöpåverkan. Samrådet sker med länsstyrelsen och övriga statliga myndigheter och intresseorganisationer, enskilda som kan antas bli särskilt berörda av den planerade verksamheten samt med allmänheten.
Det innebär att beskrivningen av projektet delges myndigheter och att övriga intressenter, enskilda och allmänhet, vilka ges möjlighet att inkomma med skriftliga synpunkter.
Efter genomfört samråd sammanställs inkomna synpunkter, och svar på dessa i en samrådsredogörelse. Miljökonsekvensbeskrivningen tas fram efter genomfört samråd och med beaktande av de synpunkter som inkommit.
I tillståndsansökan till Mark- och miljödomstolen finns en miljökonsekvensbeskrivning (MKB) och en teknisk beskrivning (TB) som beskriver de planerade åtgärderna i projektet.
Tillståndsansökan skickas in till Mark- och miljödomstolen vid Vänersborgs tingsrätt. Domstolen bedömer om ansökan behöver kompletteras. När ansökan anses komplett kungörs den i ortstidningar och information skickas till berörda sakägare med flera, vilka får tillfälle att yttra sig i målet. Domstolen håller huvudförhandling och i vissa fall även syn på plats. Efter huvudförhandlingen meddelar domstolen normalt sin dom inom några månader.
Den som inte är nöjd med domen från Mark- och miljödomstolen har rätt att överklaga till Mark- och miljööverdomstolen vid Svea hovrätt. Domstolen bedömer om den överklagande får ett prövningstillstånd för sitt överklagande eller om överklagandet avslås. Vid prövningstillstånd behandlar Svea hovrätt tillståndsansökan på samma sätt som Mark- och miljödomstolen. Svea hovrätts dom behöver sedan följas. Endast i undantagsfall prövas domen i nästa instans, Högsta domstolen.
Om inga överklaganden inkommer till, eller inte får prövningstillstånd i domstol så vinner sökt tillstånd laga kraft och projektet kan gå vidare och arbeta utefter de villkor som domstolen listat i sin dom.